Microsoft Remote Desktop上のWindowsでCtrlキー+矢印キーを入力すると、Mac側の操作に切り替わってしまう。
Mac側のMission Controlにショートカットキーを設定していることが原因だった。
システム設定 → キーボード → Mission Controlにて、Ctrlに関するショートカットの設定を外す。